Pinta bukanlah port dari Paint.NET namun setelah Paint.NET 3.0 menjadi opensource dibawah lisensi MIT maka beberapa kode dari Paint.NET langsung bisa digunakan dalam Pinta, jadi Pinta adalah kloning dari Paint.NET, meski memang kode awal adalah orisinil dari Pinta, dalam perjalanannya Pinta juga memakai source kode Paint.NET untuk lebih memperkaya.

Meski GIMP sudah bisa memiliki satu windows, dan sudah sangat lebih dari cukup untuk pengolah grafis, namun para user Linux dengan alasan tertentu juga membutuhkan Paint.NET untuk keperluannya. Sayangnya Paint.NET di Ubuntu Karmic Koala cukup bermasalah lain halnya ketika di Ubuntu Jaunty Jackalope dan sebelumnya meski ada juga cara mengfikskannya, namun dalam menjalannkannya masih harus melalui terminal dengan mengetik paintdotnet.